В 1998-1999 Мухтар Аблязов занимал пост министра энергетики, индустрии и торговли Казахстана. В ноябре 2001 года Мухтар Аблязов вместе с другими политическими деятелями стал одним из основателей и участников оппозиционного движения «Демократический выбор Казахстана» (ДВК), которое защищало идеи децентрализации власти, борьбы с коррупцией, защиты прав человека. Объединение стало самым серьезным вызовом авторитарному правителю за все 24 года нахождения его у власти. После публичного объявления о создании оппозиционного движения Мухтар Аблязов и его окружение подверглись уголовным преследованиям.
В марте 2002 года Мухтар Аблязов был арестован по обвинению в превышении должностных полномочий во время пребывания на должности министра энергетики. В результате 18.07.2002 Верховный суд РК приговорил его к 6 годам лишения свободы за превышение должностных полномочий и незаконное предпринимательство. Международные наблюдатели от Human Rights Watch, Amnesty International, Европейского парламента, Государственного департамента США и других организаций отмечали, что судебное разбирательство в отношении Мухтара Аблязова проводилось в максимально закрытом режиме и характеризовалось многочисленными процессуальными нарушениями. В тюрьме Мухтар Аблязов неоднократно подвергался пыткам и избиениям, после которых он на протяжении длительного периода времени не мог передвигаться.
13.05.2003 Нурсултан Назарбаев подписал указ о помиловании экс-министра. На следующий день на пресс-конференции Мухтар Аблязов сделал публичное заявление о том, что отходит от политической деятельности и впредь сконцентрируется исключительно на бизнесе. В своих показаниях Высокому суду Англии Мухтар Аблязов указал на то, что одним из условий его освобождения в 2003 году был отказ от политической деятельности, на котором настаивал Нурсултан Назарбаев.
С 2005 года Мухтар Аблязов был председателем совета директоров БТА Банка, который в 2009 году стал одним из самых успешных частных казахстанских банков в пространстве СНГ. В 2009 году Мухтар Аблязов вновь попал в опалу к президенту Нурсултану Назарбаеву в связи с продолжением ведения оппозиционной деятельности.Кроме того, из-за успешности и высокой доходности банка, по словам Мухтара Аблязова, с 2008 года Нурсултан Назарбаев и члены его семьи требовали переписать значительную долю акций БТА Банка на себя по цене ниже рыночной стоимости акций. Мухтар Аблязов отказывался это делать на условиях Нурсултана Назарбаева, после чего, под предлогом борьбы с экономическим кризисом, президент Казахстана настоял, чтобы государство национализировало и взяло полностью под свой контроль БТА Банк.
02.02.2009 на заседании Кабинета Министров было сделано заявление о том, что государство берет под свой контроль два системообразующих банка страны — БТА Банк и Альянс. Формально такие действия были обусловлены заявлениями государственных финансовых надзорных органов о наличии грубых нарушений в работе БТА Банка, хотя до начала конфликта между президентом и Мухтаром Аблязовым ни о каких нарушениях в работе банка не упоминалось. Наоборот, в 2006 и 2007 году БТА Банк был назван лучшим банком в Центральной Азии по версии международного журнала Euromoney, а в 2008 году занял 173 место в списке лучших банков мира (по версии делового журнала The Banker). 02.02.2009 председатель совета директоров Мухтар Аблязов и его первый заместитель Жаксылык Жаримбетов были сняты с должностей.
Государственный контроль привел к ухудшению финансового состояния БТА Банка. Агентство Bloomberg отмечает, что вследствие неадекватных действий нового руководства БТА Банка в виде реструктуризации, международные кредиторы потеряли 56% своих инвестиций в банке.Global Rating Group также указала на разочарование иностранных инвесторов, доверие которых пошатнулось вследствие результатов реструктуризации. По словам президента Global Rating Group, государство совершило тактическую ошибку, так как вошло в банк до дефолта.
20.03.2009 Генеральная прокуратура открыла уголовные дела в отношении бывших руководителей БТА Банка, в том числе Мухтара Аблязова по следующим статьям Уголовного Кодекса Республики Казахстан(УК РК):
- ст. 176 УК РК (присвоение вверенного чужого имущества),
- ст. 235 УК РК (создание организованной преступной группы),
- ст.193 УК РК (легализация незаконно приобретенных средств).
По официальной версии, в период с 2005 по 2008 годы они тайно и незаконно вывели через подставные компании из банка за границу и присвоили 6 млрд. долл.. Уголовные дела были также открыты в Украине и России. 25.12.2009 12 топ-менеджерам, оставшимся в Казахстане, присудили от 2 до 8 лет лишения свободы. Остальные руководители БТА Банка, в том числе Мухтар Аблязов, были объявлены в межгосударственный и международный розыск. 06.03.2009 Мухтар Аблязов объявлен в международный розыск следственными органами Российской Федерации.
В 2009 году новое руководство БТА Банка подало ряд исков против Мухтара Аблязова в Высокий суд Великобритании, где находился бывший руководитель банка. 29.01.2011 лондонская полиция предоставила Мухтару Аблязову «предупреждение Османа» («Osman warnings»), в котором указывалось: «Вы, можете стать объектом похищения или Вам может быть причинен физический вред, который может являться политически мотивированным. Полиция не имеет возможности обеспечить Вашу защиту от этой угрозы на ежедневной или ежечасной основе». 07.07.2011 правительство Великобритании, ссылаясь на возможные политические мотивы уголовного преследования Мухтара Аблязова, предоставило ему политическое убежище.
23.11.2012 Высокий суд Лондона взыскал с Мухтара Аблязова 2,1 млрд. долл. в пользу казахстанского БТА Банка по двум гражданским искам. В своих показаниях Мухтар Аблязов доказывал, что судебные иски со стороны руководства БТА Банка – это политические нападки президента Нурсултана Назарбаева, которые имели место и до этого. 16.02.2012 судья Найджел Тир принял решение взять под стражу Мухтара Аблязова на 22 месяца за нарушение постановления суда о необходимости полного раскрытия активов (сам Мухтар Аблязов обосновал это тем, что для третьих лиц такое раскрытие несет в себе потенциальную угрозу со стороны режима президента Нурсултана Назарбаева). После этого, в связи с нарастанием угрозы своей безопасности, Мухтар Аблязов покинул территорию Великобритании и его местонахождение было неизвестно.
31.07.2013 французское бюро Интерпола сообщило о том, что на юге Франции, неподалеку от города Канны, полиция задержала бывшего главу казахстанского БТА Банка и известного оппозиционера Мухтара Аблязова. Задержание произошло на основании запроса украинских правоохранительных органов об экстрадиции казахстанского политика. 01.08.2013 в соседнем городе Экс-ан-Прованц состоялось первое судебное заседание по делу Мухтара Аблязова. На данный момент Мухтар Аблязов находится в следственном изоляторе, пока прокуратура Франции изучает запрос Украины об его экстрадиции.
Используя полномочия Интерпола не должным образом, власти Казахстана усилили преследования родственников и соратников оппозиционера Мухтара Аблязова в Европе. 12.05.2012 на территории Чешской Республики, в г. Карловы Вары была задержана гражданка России Татьяна Параскевич, бывшая коллега Мухтара Аблязова. Киевский адвокат Евгений Пугачев заявил, что уголовное преследование Татьяны Параскевич «возбуждено необоснованно и направлено на решение политических и экономических вопросов, касающихся Аблязова М.К.». 12.06.2013 польская полиция, действуя на основании ордера на арест, выданного Интерполом, произвела задержание казахстанского оппозиционного политика Муратбека Кетебаева. Окружная прокуратура в Люблине назвала обвинения против Муратбека Кетебаева политически мотивированными. 13.06.2013 Муратбек Кетебаев после допроса в прокуратуре был сразу же выпущен из камеры задержания, а информация о нем была удалена из баз данных Интерпола. Под предлогом ложных обвинений в терроризме казахстанские власти пытаются добиться экстрадиции еще одного человека из окружения Мухтара Аблязова – его бывшего начальника охраны Александра Павлова. В ночь с 28.05.2013 на 29.05.2013 в пригороде Рима полиция Италии задержала Алму Шалабаеву, жену Мухтара Аблязова. В ночь с 31.05.2013 на 01.06.2013 Алма Шалабаева и ее 6-ти летняя дочь Алуа Аблязова были незаконно депортированы в Казахстан. Депортация имела признаки спланированной спецоперации.
Правительство Казахстана обвинило Мухтара Аблязова в финансировании Жанаозенских событий 2011 года, на основании чего был осужден оппозиционный лидер Владимир Козлов (который возглавлял оппозиционную партию «Алга!», правопреемника ДВК), запрещена деятельность обвиненных в экстремизме 34 негосударственных СМИ и оппозиционной партии «Алга!». Правительство обвинило их в сотрудничестве с Мухтаром Аблязовым. Судебные процессы имели признаки политического заказа и прошли с явным обвинительным уклоном. До сегодняшнего дня на этом основании правоохранительные органы арестовывают политиков и гражданских активистов. Таким образом, политическая борьба против главного оппонента режима переросла в грубые нарушения гражданских и политических прав не только в Казахстане, но и перенеслась на территорию Европы, где казахстанские власти любыми возможными путями пытаются достать своих политических оппонентов.